重新进入历史研究领域后，何兹全先生潜心学术研究。为了将中国古代史和欧洲史进行比较研究，1947年，他远渡重洋，进入美国哥伦比亚大学历史研究院主修欧洲古代史。留美期间，他边学习，边工作，同时密切注视国内局势的发展，关心民族的命运。他深切地希望祖国富强、人民幸福、民族振兴。他相信，在中国共产党领导下，只要能结束内战，中国就会走向光明与复兴。1950年，何兹全先生放弃了在美国工作的优厚待遇，拒绝了导师傅斯年请他去台湾史语所工作的邀请，毅然乘坐最后一班邮轮回到祖国。
回国后，正值抗美援朝之际，何兹全先生同全国人民一道迅速投入到保家卫国的大潮中，将自己多年积攒下来的19两黄金捐献给国家。抗美援朝的胜利，表现了中华民族的英雄气概，使他更加坚定了在共产党的领导下，中华民族必将振兴、祖国必将强大的信念。